El Colegio Nacional Experimental “Juan Pío Montúfar” fue creado en el Gobierno del Presidente Carlos Arroyo del Río, mediante decreto Nº 1.551 del 26 de diciembre de 1941, e inaugurado el 20 de octubre de 1942, siendo Ministro de Educación el señor Abelardo Montalvo. Su primer rector en funciones fue el poeta Dr. Oscar Efrén Reyes.
El colegio, fue designado con el nombre de uno de los más importantes personajes de la historia del país. “El primer presidente de América Revolucionaria”. Juan Pío Montúfar, Marqués de Selva Alegre, quien estuvo al frente de la Primera Junta de Gobierno Autónoma de Quito.